국가정보원 직원이 세월호 참사 당일인 2014년 4월16일과 다음날까지 수차례 청해진해운 직원들과 전화통화를 한 것으로 확인됐다.미디어오늘이 입수한 청해진해운 사무실의 컴퓨터 하드디스크에선 국정원 수사관 하아무개씨의 휴대폰 번호가 나왔다. 취재 결과 하씨가 사용한 휴대폰은 011-XXX-6171, 010-XXXX-6171 번이었고 하씨는 16일~17일 총 7차례 청해진해운 직원 3인에게 전화를 걸었다. 국정원 직원 하씨가 청해진해운 직원과 최초로 통화한 시점은 4월16일 오전 9시 38분이며, 통화시간은 2분 01초였다.국정원은 당초 사고 당일 9시44분에 방송뉴스를 보고 사고를 처음 인지했다고 주장하는 등 청해진해운과의 관련성을 애써 부인해왔다. 그러나 이미 9시 38분에 국정원 직원 하씨가 직접 청해진해운 직원에게 전화를 걸어 2분간 통화했다. 또한 이 국정원 직원은 최초의 통화를 포함해 이틀간 총 7차례 청해진해운 측에 전화를 걸었다.